早疫病是由半知菌亚门链格孢展病原真菌诱发，而晚疫病是由鞭毛菌亚门疫霉展真菌侵害诱发。
2、发病温度不同
早疫病一般在25-30度的温度和70％以上湿度的环境下发病，而晚疫病一般在18-23度的温度和95％以上湿度的环境中发病。3、症状表现不同
早疫病大多在叶片和茎叶分叉处发病，也会危害果实。受害西红柿植株近地面的茎基部会出现椭圆形轮纹病斑，在湿度较大的环境下，病害处出现灰黑色霉层，叶片会有环状或者椭圆形的同心轮纹病斑，受害果实会在果柄处发病，出现圆形或椭圆形的凹陷同心轮纹病斑，湿度大时会长出黑色霉层，病害后期会造成病果发生开裂、提前变红。
晚疫病在大多在茎秆上发病，也会侵害叶片和青果。叶片发病时一般先从叶尖或叶缘发生水浸状不规则病斑，就像被开水烫了一样，随着病情的发展叶片会变为褐色；茎秆发病时，会出现水浸状的不规则的褐色凹陷病斑，在湿度大的环境下，病害处会长出灰白色霉层；果实发病一般在青果发病，果面先会出现暗绿色的病斑，随后病斑变褐、变硬，在湿度较大的情况下，病害处会长出白霉层并快速发生腐烂，受害果实不会提前变红。
三、番茄早疫病和晚疫病的防治方法
1、通用防治方法
①选用抗病性强的良种合理性密植，种植前用50-55度温水浸种消毒，或者用1％硫酸铜等药液浸种，以灭杀种子表面残留的病害菌。育苗时，要使用无病土或者对苗床土进行消毒处理。
②避免重茬种植，可以和非茄科类农作物进行2年以上的轮作种植，有条件的采用水旱轮作效果更好。
③施肥时，以腐熟有机肥为主、化肥为辅，控制使用氮肥、合理增施磷钾肥。④浇水时，要避免大水漫灌式浇水，最好采用滴灌和膜下浇水，合理控制好田间湿度，及时做好雨后排水管理，避免湿度过大诱发病害。
⑤适时对番茄种植进行整枝疏叶管理，以防田间隐蔽，保证田间有一个良好的通风透光环境，可以减少病害的发生率。
⑥对于生长期内发现的零星病害植株，要及时进行清除到田外进行焚烧处理，收获后要全面清理田间的残枝落叶病果等，并要及时进行土壤深翻耕晒墒杀菌处理。2、早疫病与晚疫病的不同防治药物
①早疫病药物防治：可以选用苯甲嘧菌酯、吡唑醚菌酯、乙磷·锰锌、异菌脲、普力克、腐霉利、百菌清、多霉灵、甲基硫菌灵、克菌灵、恶霜嘧铜菌酯、甲霉灵等药物，在病发初期时喷施防治，在病发初期时防治，连门2-3次，每隔5-10天左右喷施1次。
②晚疫病药物防治：可以选用氰霜唑、霜脲锰锌、噁唑酮霜脲氰、烯酰霜脲氰、速渡、乙膦·锰锌、嘧菌酯、百菌清、福美双、甲霜灵、三乙膦酸铝、甲霜·铜、恶霜菌酯、恶霜锰锌、苯霜灵、甲霜铝铜、退君特、氢氧化铜、嘧啶核苷类抗菌素等药物，在病发初期时防治，连门2-3次，每隔5-10天左右喷施1次。
注意：在进行药物防治时，为预防发生药物抗性、提高用药效果，应当注意交替用药。