一是误认为是叶面肥，以为施用芸苔素就能恢复营养。
二是误认为是万金油，作物出现任何情况都用芸苔素，以为芸苔素能解决所有问题。
三是作物本身长势良好的情况下仍然施用芸苔素内酯，期许更高的收益，达不到期许时便误认为没什么效果，认为一种可用可不用的产品。
对植物的各个生长发育时期都能发挥调节作用，这是芸苔素内酯区别于其它植物生长调节剂最重要的特点。
其具体作用体现在以下几个方面：
1、促进细胞伸长和分裂
用10mg芸苔素内酯处理菜豆幼苗第二节间，便可以引起该节间显著伸长弯曲，细胞分裂加快，节间膨胀大，甚至开裂。其原因是芸苔素内酯可提高植物DNA聚合酶和RNA聚合酶的活性，DNA和蛋白质含量增多。同时也会刺激细胞质膜上的ATP酶活性，促使质膜分泌H+到细胞壁，使细胞伸长，使植株加速生长，增加产量。
2、促进光合作用
芸苔素内酯可使光合作用中的RuBP羧化酶的活性大大提高，使CO2固定速率加快，提高光合效率，宏观上表现为叶色加深，叶面积增大，叶片肥厚，生长整齐，改善叶面品质。光合作用的产物是植物进行有机物积累的根本来源，因而芸苔素内酯可以提高作物产量。
3、提高植物抗逆性
在低温、干旱和盐碱等逆境下，芸苔素内酯能够增强作物根系吸水性能，稳定膜系统的结构功能，维持较高的能量代谢，调节细胞内生理环境，促进正常的生理生化代谢，从而增强植物的抗逆性，所以芸苔素内酯又被称为逆境条件的缓冲剂。植物的抗病性是受植物本身的基因控制的，芸苔素内酯可以全面调节植物的生理生化过程，从而使病害减轻，同时，芸苔素内酯作为植物激素可以诱导某些抗病基因的表达，增强了植物的抗病性。在生产上的应用主要有以下几个方面。
1、苗期促根
用作种子处理或苗床期喷洒，对水稻、小麦、玉米、蚕豆、烟草、蔬菜等作物的幼苗根系有明显的促生长作用。根系鲜重比对照增加20～50%，干重增加15～107%，表现为根深叶茂，苗株茁壮。
2、营养期促长
芸苔素内酯具有促进细胞分裂和细胞伸长的双重作用，又能提高叶片叶绿素的含量，增强光合作用，增加光合同化产物的积累，因而有明显的促进植物营养生长的效应，可以提高作物的产量。
3、生殖期促实
芸苔素内酯能提高花粉的发芽率，促进花粉管伸长，有利于植物的受精，从而提高结实率和座果率。特别是它还能提高植物的弱势部位，进而提高顶尖部位的结实率。作物成熟期表现为粒数和粒重增加，瓜果类表现为果实均匀，改善作物品质。
4、增强抗逆性